De directeur-bestuurder geeft leiding aan de organisatie. Er is een onafhankelijke Raad van Toezicht bestaande uit drie leden, een Bestuurlijk Overleg waarin vier wethouders en de bestuursvoorzitters van de betrokken kennisinstellingen zitting hebben, en een Programmaraad, bestaande uit vertegenwoordigers van de gemeente, de vier kennisinstellingen en twee praktijkpartners. De actuele bemensing van de verschillende organen van het Kenniscentrum Ongelijkheid staat hieronder weergegeven:
Raad van Toezicht:
Domenica Ghidei
Lotte van ’t End
Herman van de Werfhorst
Bestuurlijk overleg:
Marjolein Moorman (Gemeente Amsterdam – wethouder Onderwijs, Jeugd(zorg) en Armoedebestrijding)
Rutger Groot Wassink (Gemeente Amsterdam – wethouder Sociale zaken en Democratisering)
Christa Boer (decaan Faculteit Maatschappij- en Gedragswetenschappen, UvA)
Gregor Halff (decaan van de Faculteit der Sociale Wetenschappen, VU)
Jeroen van den Berg (interimlid College van Bestuur, Inholland)
Jopie Nooren (voorzitter College van Bestuur HvA)
Directeur – bestuurder: Aisa Amagir
Programmaraad:
Antoinette de Ruijter (Gemeente Amsterdam)
Boris van de Woestijne (Gemeente Amsterdam)
Fenne Pinkster (UvA)
Joris Rijbroek (VU)
Marieke Slootman (Inholland)
Stijn Sieckelinck (HvA)
Hanane Abaydi (praktijklid)
Jael van der Heijden (praktijklid)