Het Kenniscentrum Ongelijkheid is een netwerkorganisatie, waarin onderzoekers en maatschappelijke partners vanuit hun eigen functie en organisatie participeren in onderzoekssamenwerkingen op het gebied van ongelijkheid. De directeur-bestuurder geeft leiding aan de organisatie. Er is een onafhankelijke Raad van Toezicht bestaande uit drie leden, een Bestuurlijk Overleg waarin vier wethouders en de bestuursvoorzitters van de betrokken kennisinstellingen zitting hebben, en een Programmaraad, bestaande uit vertegenwoordigers van de gemeente, de vier kennisinstellingen en twee praktijkpartners. De actuele bemensing van de verschillende organen van het Kenniscentrum Ongelijkheid staat hieronder weergegeven:

Raad van Toezicht:
Domenica Ghidei
Youssef Achahbar
Herman van de Werfhorst

Bestuurlijk overleg:
Marjolein Moorman (Gemeente Amsterdam – wethouder Onderwijs, Armoede, Inburgering)
Simone Kukenheim (Gemeente Amsterdam – wethouder Zorg, Jeugd(zorg), Beroepsonderwijs en Sport)
Laurens Ivens (Gemeente Amsterdam – wethouder Wonen, Bouwen, Openbare Ruimte, Groen, Reiniging en Dierenwelzijn)
Rutger Groot Wassink (Gemeente Amsterdam – wethouder Sociale zaken, Diversiteit en Democratisering)
Geert ten Dam (voorzitter College van Bestuur, UvA)
Mirjam van Praag (voorzitter College van Bestuur, VU)
Mieke van den Berg (voorzitter College van Bestuur, Inholland)
Jopie Nooren (voorzitter College van Bestuur HvA)

Directeur – bestuurder: Louise Elffers

Programmaraad:
Mavis Carrilho (Gemeente Amsterdam)
Judith Duveen (Gemeente Amsterdam)
Fenne Pinkster (UvA)
Joris Rijbroek (VU)
Femke Kaulingfreks (Inholland)
Hessel Nieuwelink (HvA)
Abdelhamid Idrissi (praktijklid)
Arnold Jonk (praktijklid)